Nel primo millennio dell'era cristiana, nel luogo dov'è ubicata adesso la chiesa, sorgeva un oratorio intitolato a San Michele Arcangelo. Intorno all'anno 1000 la chiesa di Sant'Angelo risultava appartenere già al Vescovo di Firenze. Poi passò alle monache fiorentine di Sant'Orsola e alla famiglia Carnesecchi. Nel 1693, divenne proprietà dei Bardi di Vernio. Nel 1712 ricevette il titolo di prioria e, nel 1943, venne restaurata.

Accesso negli orari di apertura della Chiesa.